逆流性食道炎の最大の要因は肥満です。肥満により腹圧が上昇すると、胃の内容物が食道へ逆流しやすくなります。肥満以外にも、妊娠中や、締め付けるような衣類、重いものを持ち上げる動作なども腹圧が高くなりやすく、胃酸逆流の生じる原因となります。

通常は胃と食道の間にある筋肉が逆流を防止するように働きますが、この筋肉が弛緩すると逆流が起こります。肥満や姿勢の悪さなどによって筋肉が緩みっぱなしになる「食道裂孔ヘルニア」と、アルコールや高脂肪食などの影響で一時的に緩む「一過性LES（下部食道括約筋）弛緩」とがあります。

食道や胃の動きが低下すると、食べ物や胃酸が停滞し（クリアランス能の低下）、逆流性食道炎を引き起こします。

辛い食べ物、脂っこい食べ物などの食習慣やストレスなどの生活因子が胃酸過多状態を自引き起こし、逆流した際の粘膜へのダメージが強く出ます。

プロトンポンプ阻害薬（PPI）またはカリウムイオン競合型アシッドブロッカー（P-CAB）と呼ばれる、胃酸の分泌を抑える薬が第一選択薬となります。軽症の場合は症状があるときだけ使用する「オンデマンド療法」を、重症の場合は症状の有無にかかわらず毎日内服する維持療法を行うのが一般的です。非常に効果的な薬ですが、長期間の使用には副作用のリスクが伴います。

胃酸以外の胃の内容物が逆流して起こるタイプの逆流性食道炎の治療には、逆流そのものを抑制するタイプの薬が有効です。制酸薬と組み合わせて処方するケースが多いです。酸分泌抑制薬単独で用いる場合の3割程度効果が増すといった感覚です。

のどの違和感が強く出るタイプや、口の中に苦いものが込み上げてくるようなタイプの逆流性食道炎の治療には、漢方薬を併用するケースもあります。

胃酸による攻撃因子と食道側の防御因子とのバランスが崩れることも症状が出る1つの要因です。胃酸を抑える薬だけでバランスがとりきれない場合は、防御因子を補強してあげることにより症状を抑えます。特に背中まで痛みが響くような強い症状がある方には、有効なケースがあります。

逆流性食道炎の病態は生活習慣による影響も少なくありません。
リスク因子である肥満に関しては減量により食道内酸逆流と逆流症状が減少することが証明されています。
喫煙に関しては食道と胃の接合部の圧を減少する働きがあり逆流を誘発するとされています。
夕食の時間に関しては早い夕食（就寝前6時間）と遅い夕食（就寝2時間前）をとった方でくらべた研究があり、遅い夕食を食べている方が就寝中の胃酸逆流が多いと報告されています。また就寝中の頭位挙上（10インチ＝25cmの挙上）も就寝中の胃酸逆流を抑制すると言われています。